Le jeune roi de France, François 1er, est encore auréolé de gloire suite à sa victoire contre la Sainte Ligue – coalition composée du Saint Empire Romain germanique, du duché de Milan, des Confédérés Suisses mercenaires du Saint Empire, et du pape – qui s’est déroulée à Marignan les 13 et 14 septembre 1515. Ce succès offre à la France le duché de Milan, engendre la paix perpétuelle de Fribourg (1516) entre la France et les cantons suisses (qui ne peuvent dorénavant plus se combattre), ainsi que le Concordat de Bologne.
En effet, durant 5 jours, entre le 11 et le 15 décembre 1515, le pape Léon X et le roi François 1er se rencontrent à Bologne. Le pape arrive dans la cité dès le 8, et le roi le rejoint le 11, aussi fastueusement vêtu que le souverain pontife. Le cérémonial est grandiose et l’entrevue s’ouvre sur un discours prononcé en latin par le chancelier Antoine Duprat, ne tarissant pas d’éloges sur le Pontife et le roi. Les requêtes de l’un et de l’autre aboutissent au concordat de Boulogne négocié par Duprat et ratifié le 18 août 1516.
Ce texte revient notamment sur la « Pragmatique Sanction de Bourg », signée par Charles VII en 1438. Elle affirmait la supériorité des conciles nationaux (assemblées débouchant sur des prises de décisions importantes) sur la papauté.
Désormais, abbés, évêques, archevêques ne sont plus élus mais nommés par le roi de France. Cependant, la papauté se réserve un droit de veto. Les membres du clergé qui seraient en désaccord avec ces nominations peuvent désormais faire appel devant la Cour de Rome, et non plus le Parlement français, ce qui donne pleine satisfaction à Léon X dont l’autorité se trouve grandie. Le pape peut à nouveau toucher des annates (charges versées à chaque changement d’un titulaire – membre du clergé qui occupe un poste important, tel un évêque). En outre, grâce à ces accords, le souverain français obtient le statut de « fils aîné de l’Église » aux dépens de Maximilien de Habsbourg, empereur du Saint Empire Romain Germanique.
Refusant de reconnaître l’autorité politique du Pape (ce qu’on nomme le gallicanisme), le Parlement, les universitaires et une partie du clergé, refusent de ratifier le concordat. Mais, contraint par le roi, le Parlement finit par s’incliner et le signer le 22 mars 1518. Concernant la politique intérieure, la nomination du haut-clergé par le roi crée une opposition avec le bas-clergé, toujours élu et ne recevant que de maigres tributs. Désormais, le souverain peut légitimement favoriser les nobles entrés dans les ordres (la noblesse ecclésiastique, que l’on définit comme le haut clergé). Le bas-clergé se sent oublié mais le concordat ne sera mis en cause qu’en 1790, lors de la Révolution française.
Rarement un souverain aura eu autant de pouvoir sur l’Église de son royaume. En outre, l’État obtient l’autorisation de lever une décime (impôt) sur le clergé. Enfin, le concordat de Bologne positionne la France en interlocuteur privilégié de Rome, empêchant désormais la création de toute coalition entre la papauté et d’autres pays contre la France. Fort de cet accord, le royaume de François 1er se retrouve au cœur du jeu politique international.